Die Schule wurde 1642 als Gymnasium Marianum-Aloysianum von Jesuiten im Zuge der Gegenreformation gegründet. 1820 erhielt sie vom König von Hannover eine eigene Schulordnung und den Namen „Königliches Gymnasium für Jungen, Meppen“.
1833 bekam die Schule die Berechtigung, die Abiturprüfung abzunehmen, welche im Königreich Hannover 1829 als verbindliche Hochschul-Eingangsprüfung eingerichtet worden war.
Von 1935 bis 1945 hatte die Schule den Namen „Emslandschule“, von 1945 bis 1973 hieß sie „Gymnasium für Jungen, Meppen“, dann erhielt sie den Namen „Kreisgymnasium Meppen“ und seit 1981 führt sie den Namen „Windthorst-Gymnasium Meppen“.